Eindeutiger Favorit bei der Wärmeerzeugung mit Holz sind daher Pelletheizungen. Sie haben inzwischen den größten Marktanteil bei den Heizungen mit nachwachsenden Rohstoffen. Moderne Pelletheizungsanlagen sind vollautomatische Zentralheizungen für höchste Komfortansprüche. Es werden heute Systeme in allen Leistungsklassen für Wohngebäude angeboten. Die Lagerung der Holzpellets erfolgt in einem separaten Vorratsraum. Dabei handelt es sich im Idealfall um einen an den Brennerraum angrenzenden Kellerraum, der mit einer aus Schrägböden bestehenden Unter-Konstruktion sowie einer Transportschnecke ausgebaut werden kann. Alternativ dazu sind auch andere Formen der Pelletlagerung in speziellen Gewebe- oder Silobehältern möglich. Eine trockene Lagerung vorausgesetzt, können Pellets auch in Erdtanks außerhalb des zu beheizenden Gebäudes aufbewahrt werden. Die Befüllung des Pelletlagers kann ähnlich wie beim Heizöl durch einen Tankwagen mit einer Schlauchleitung erfolgen.

Über eine Förderschnecke oder Saugeinrichtung werden die Pellets vom Vorratsbehälter bzw. vom Vorratsraum in den Verbrennungskessel transportiert. Die Zündung erfolgt automatisch durch einen Glühstab oder ein Heißluftgebläse. Brennstoff- und Luftzufuhr werden elektronisch geregelt.

Die Preisentwicklung für Holzpellets war in den letzten Jahren relativ konstant und lag zwischen 160 und 200 Euro pro Tonne. Im Jahr 2006 kam es zu Lieferengpässen, die auf Grund der stark gestiegenen Nachfrage einen Preisanstieg auf bis zu 300 Euro pro Tonne zur Folge hatte. Der Aufbau neuer Produktionskapazitäten führt inzwischen zu einer Entspannung der Preise und der Liefermöglichkeiten. Dennoch: Mit wachsender Nachfrage steigen auch die Holzpreise.

Hohe Effizienz und langfristig niedrige Energiepreise bietet eine Pelletheizung – wie alle anderen modernen Heizungssysteme – nur in einem energieeffizienten, gut gedämmten Gebäude mit einem geringen Brennstoffbedarf.